BIO-RAD PDQUEST 8.0.1

  • 软件等级:
  • 更新时间:2013-11-03
  • 软件类型:国外软件
  • 软件大小:48.0 MB
  • 软件语言:请联系我们
  • 软件授权:商业版

BIO-RAD PDQUEST 8.0.1 使用安装方法说明:

BIO-RAD PDQUEST 8.0.1
     Bio-Rad 公司推出的 PDQuest 分析软件,含 5 种功能:成像系统控制功能 + 二维凝胶分析功能 + 数据库管理功能 + Spot Cutter 切胶系统控制功能 + 质谱数据反馈功能。 
PDQuest 软件含以下特点: 

1 、与蛋白质组学研究平台中的图像、蛋白点切胶仪、质谱等主要工作元件紧密整合,以获取无误差的数据整合 —— 样品跟踪、斑点切取、质谱蛋白鉴定及生物信息 
2 、多种形式的观察方式: 2 维, 3 维,多通道等 
3 、自动斑点检测,自动扣除背景确定斑点 
4 、能准确的对凝胶中的蛋白点进行定量。 
5 、独特的重叠斑点分割功能 , 应用高斯模型将重叠的斑点区分开来更有利于精确定量 
6 、可选择多种逻辑数据库模型进行分析和比较,如定性(表达量的增减,保守表达),定量(有或无表达)的统计,并可以非常方便     进行高层次的实验组与组的比较。

::::::English Description::::::

Proteomics can be used in any lab to help answer questions about protein expression and function that cannot be answered using any other method. One method currently employed to obtain information on complex mixtures of proteins (ranging from whole cell lysates to organelle preparations) is two-dimensional (2-D) gel electrophoresis. 

Running two-dimensional gels is a time consuming process and variation between gels can make it difficult to obtain good data. Bio-Rad has developed a complete 2-D gel electrophoresis system that allows you to run multiple gels at the same time using their pre-made buffers and solutions to get you off the ground and going with little preparation time. Most 2-D gel electrophoresis experiments require multiple gels to account for the experimental variations inherit to this complex procedure. When we started our trek into proteomics, we found that comparing gels visually was time consuming and difficult, although still possible when we had only a few gels. But we knew that visual comparisons were not a long-term solution and we soon began looking for software to analyze our gels. Bio-Rad’s PDQuest 2-D Analysis Software steps in to organize your gels and unearth the data buried under the polyacrylamide. This software package will normalize each gel to “housekeeping proteins”, filter out background noise, and create virtual gels using Ideal Gaussian Representations of experimental gels. In addition, this software allows statistical analysis of gels to determine which differences are significant and which are not. At each stage, PDQuest will show the spot of interest on all of the gels; sometimes, the user can make their own judgment call on whether the difference is significant or not. The features of PDQuest are too numerous to mention here, but a trip to the Bio-Rad website will help you find out that every feature has been built into this package. 

PDQuest is a robust and nimble software that took minutes to accomplish what had taken us hours to do and it contained many of the features we needed. Our first experience with the software was quite user friendly. Once we had the gel images on the screen, we clicked on the automated detection and matching tool. Next we selected the faintest spot, the smallest spot (usually the same spot as the faintest spot), and the largest spot cluster. The first round of spots was shown on the screen to make sure all the spots we were interested in were identified. Next the default parameters were left for matching the spots between gels. That was it. Then, we were able to click through spots that were of interest to us. The program showed us where the spots were on each of the gels, the relative signal intensity, and a graphical representation of the relative signal intensity of the same spot in multiple gels. 

Overall, this software is user friendly and even the beginner can quickly obtain data from multiple gels. This program can accommodate a wide array of uses, and this review only scratches the surface of PDQuests’ features. Our lab is extremely impressed by this software package, and would strongly recommend it to any lab involved in proteomics. 

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